Durante siglos fuimos seleccionando tomates más grandes, productivos y resistentes, pero en el camino también cambió algo menos evidente: su sabor. Un estudio que analizó 558 accesiones, desde formas silvestres hasta variedades modernas, reconstruyó esa historia genética e identificó 337 regiones del genoma vinculadas a azúcares, ácidos y aromas. Entre sus hallazgos, un gen revela cómo una variante que favorecía ciertos compuestos aromáticos ganó terreno durante la domesticación y luego perdió frecuencia con el mejoramiento moderno.
ChileBio / 1 de septiembre, 2026.- Pocas discusiones sobre frutas y hortalizas son tan recurrentes como aquella que asegura que “los tomates de antes tenían más sabor”. Detrás de esa percepción hay algo bastante más complejo que nostalgia culinaria. El sabor de un tomate depende de una combinación de azúcares, ácidos y numerosas moléculas volátiles que, juntas, producen lo que nuestro cerebro reconoce como el aroma y sabor característicos de un buen tomate.
Ahora, un amplio estudio publicado en Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) reconstruyó cómo esa compleja química fue cambiando a medida que el tomate pasó de sus ancestros silvestres a las formas domesticadas y, finalmente, a los cultivares comerciales modernos.
La investigación, encabezada por científicos de Anhui Agricultural University, en China, junto con investigadores de University of Florida, Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology y otras instituciones, analizó 558 accesiones procedentes de distintas partes del mundo. La colección incluyó parientes silvestres, tomates semidomesticados, variedades tradicionales —o heirloom—, cultivares modernos y germoplasma latinoamericano que hasta ahora había sido escasamente caracterizado.
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558 tomates como una máquina del tiempo genética
La estrategia permitió mirar la domesticación casi como una película genética.
En lugar de comparar simplemente “tomates antiguos versus modernos”, los científicos estudiaron poblaciones correspondientes a diferentes etapas de la historia evolutiva y agrícola del cultivo. En sus frutos midieron distintos componentes relacionados con el sabor y luego los vincularon con variaciones distribuidas a lo largo del genoma mediante estudios de asociación genómica, conocidos como GWAS.
La razón para hacerlo así es que no existe un único “gen del sabor”.
Cuando mordemos un tomate, la dulzura depende en buena medida de sus azúcares y la acidez de sus ácidos orgánicos, pero gran parte de aquello que interpretamos como sabor proviene en realidad del olfato. Moléculas volátiles liberadas por el fruto llegan a nuestros receptores olfativos y modifican de forma notable la experiencia sensorial.
Por eso, mejorar el sabor es un desafío genético particularmente complejo: significa trabajar simultáneamente sobre numerosos compuestos y rutas metabólicas.
El análisis identificó 337 loci —regiones del genoma— asociados con sustancias relacionadas con el sabor. Entre ellos aparecieron genes conocidos, como LIN5 y NSGT, pero también numerosas regiones que no habían sido descritas previamente. Según el reporte de Anhui Agricultural University, la comparación también mostró que los tomates modernos de fruto grande presentan cambios en el equilibrio entre azúcares y ácidos, una reducción de importantes compuestos volátiles y una mayor acumulación de salicilato de metilo, asociado desfavorablemente con la calidad aromática.
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Un nuevo protagonista del aroma: Sl-LIP100
Entre todas esas regiones genéticas hubo una que llamó especialmente la atención.
En el cromosoma 2, los investigadores identificaron un grupo formado por 17 genes que codifican lipasas, enzimas capaces de actuar sobre lípidos. Los análisis terminaron apuntando a un gen hasta entonces poco caracterizado: Sl-LIP100.
Encontrar una asociación estadística entre un gen y un compuesto químico no demuestra por sí sola que uno sea responsable del otro. Por eso, el equipo avanzó hacia la validación funcional.
Los experimentos mostraron que variantes de Sl-LIP100 presentan diferencias en su actividad enzimática. Además, cuando el gen fue inactivado experimentalmente, disminuyeron en los frutos varios compuestos aromáticos de cinco y seis carbonos —conocidos como volátiles C5 y C6— mientras se acumulaban precursores lipídicos.
Con ello, Sl-LIP100 pasó de ser simplemente un candidato encontrado mediante asociación genómica a un gen con evidencia funcional de participación en la producción de moléculas relevantes para el aroma del tomate.
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El giro inesperado ocurrió durante la domesticación
Pero quizás lo más interesante del estudio aparece cuando los investigadores siguieron las distintas variantes de Sl-LIP100 a través de la historia del cultivo.
Los tomates silvestres analizados portaban una versión de menor actividad del gen, denominada Sl-LIP100R. Durante el proceso de domesticación y expansión del tomate desde Sudamérica hacia regiones más septentrionales de América, comenzó a aumentar la frecuencia de otra variante, Sl-LIP100A, cuya actividad es mayor y está asociada con una mayor producción de determinados volátiles C5 y C6.
En otras palabras, la domesticación no significó simplemente una pérdida progresiva del sabor de un tomate silvestre supuestamente perfecto.
Al menos para este componente de su aroma ocurrió lo contrario: la selección humana favoreció una variante genética que incrementaba determinados compuestos aromáticos.
El problema vino después.
Durante las etapas posteriores del mejoramiento comercial, la frecuencia de este alelo favorable disminuyó. El proceso que inicialmente había enriquecido parte de la química aromática del tomate terminó revirtiéndose parcialmente en el germoplasma moderno.
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Nadie estaba seleccionando tomates “sin sabor”
Esto no significa que generaciones de mejoradores hayan decidido sacrificar deliberadamente el sabor para obtener tomates más grandes.
La explicación genética es bastante más interesante.
Los genes no se heredan siempre como unidades completamente independientes. Variantes ubicadas físicamente cerca unas de otras en un cromosoma pueden transmitirse juntas durante muchas generaciones, fenómeno conocido como ligamiento genético.
El locus funcional de Sl-LIP100 se encuentra estrechamente ligado a una región relacionada con el peso del fruto que fue sometida a una fuerte selección durante la domesticación y el mejoramiento.
Esto crea un escenario clásico del mejoramiento vegetal: seleccionar intensamente una característica deseada puede modificar inadvertidamente la frecuencia de variantes cercanas que afectan otro atributo.
Es una distinción importante. El menor sabor de algunos tomates modernos no debe entenderse simplemente como el resultado de que los mejoradores “eligieron rendimiento en vez de sabor”. Parte del fenómeno puede emerger como consecuencia indirecta de seleccionar durante muchas generaciones características agronómicas como tamaño, productividad, resistencia o comportamiento poscosecha.
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Recuperar lo perdido sin volver al pasado
La misma genética que permite reconstruir esa pérdida también ofrece herramientas para corregirla.
El estudio no propone abandonar los tomates modernos ni regresar simplemente a variedades antiguas. Los cultivares actuales acumulan décadas de mejoras en productividad, resistencia a enfermedades, uniformidad y otras características relevantes para agricultores, cadenas de distribución y consumidores.
La oportunidad está en identificar variantes favorables que quedaron atrás y reincorporarlas de manera mucho más dirigida.
El mapa generado por los investigadores entrega numerosos nuevos alelos asociados con azúcares, ácidos y sustancias volátiles que podrían utilizarse como recursos para programas de mejoramiento. Sl-LIP100 representa un ejemplo especialmente atractivo porque conecta una variante genética concreta con una ruta bioquímica y con diferencias en compuestos aromáticos del fruto.
Este tipo de conocimiento permite pasar de seleccionar únicamente el resultado final —“este tomate sabe mejor”— a conocer parte de los mecanismos genéticos que producen esa diferencia.
Y esa puede ser una de las grandes ventajas del mejoramiento vegetal moderno: utilizar genómica, fenotipado metabólico y herramientas de selección de precisión para conservar las mejoras agronómicas acumuladas durante décadas mientras se recuperan características de calidad que fueron disminuyendo inadvertidamente.
Después de siglos transformando al tomate, la genética empieza a mostrar no solo qué cambiamos, sino también qué piezas podríamos volver a incorporar para conseguir tomates modernos que vuelvan a saber mejor.
- Estudio: Li, X., Tieman, D. M., Huang, Y. et al. The genetic architecture of tomato flavor variation through crop domestication and improvement. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2026. DOI: 10.1073/pnas.2610136123